Bien que les pygmées Barimba soient les plus anciens habitants de la contrée, le peuplement de Moabi commence réellement avec l’installation de quatres clans Punu dans la région, notamment les Djougou, les Bavéla, les Budjala et les Ndingi. Les quatres clans se reclament la paternité de Moabi.
La pénétration coloniale française dans la région entraine des révoltes des populations locales. C’est ainsi qu’en 1906, les clans Bavéla et Badumbi se révoltent contre les exactions des miliciens français.
Pour répondre à cette révolte de 1906, les autorités coloniales françaises rattachent la circonscription de la Nyanga au Gabon. Circonscription qui jusqu’à 1906 faisait partie du Moyen-Congo.
Le leader de cette révolte n’est d’autre que Mavurulu, alias Nyonda Makita du clan Bagambu. En 1911, Nyonda Makita poursuit la lutte seul. Il se réfugie à Lebamba. Pour éviter que les siens soient exécutés, il se rend au chef de poste de Ndendé où il est jeté en prison. Il y meurt quelques semaines après. La nouvelle créee des remous. Quelques mouvements sporadiques ont lieu. Mais en 1912, la révolte est définitivement matée.
Au cours de l’administration coloniale du Gabon, les autorités de cette époque décident en 1954 d’ériger Moabi en poste de controle administratif (PCA), qui permettait à l’administration française de contrôler les villages de la contrée.
En 1957, Moabi est érigée en district, dont le premier sous préfet est Fanguinoveni Jean Robert.
Par la suite Moabi est devenu chef lieu du département de la Douigny le 10 Novembre 1976. Le premier préfet de Moabi etait Nziengui Mangandi Joseph.
Moabi a été érigé en commune de plein exercice en 1996, par la loi organique 15/96 du 6 juin 1996 portant sur la décentralisation. Cette même année au sortie de l’éléction municipale, Olivier Paul Mbadinga est élu premier Maire de la commune de Moabi.
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